Reflü, mide içeriğinin yemek borusu veya ağza geri gelmesi ile oluşur. Uzun süreli reflü sonucunda Barrett’s özofagus oluşabilir. Barrett’s özofagus, yemek borusunun alt ucundaki mukozada yassı hücreler yerine intestinal hücrelerin geçmesiyle oluşur. Bu durum toplam reflü hastalarının çok az bir bölümünde oluşur ve düşük oranda kanser riski taşımaktadır.

Her yıl Barrett’s özofagusu olan hastaların yüzde 0,5’inde yani 200 hastanın birinde özofagus kanseri gelişmektedir. Sonuç olarak iki tip özofagus kanseri vardır; adenokanser ve yassı hücreli kanser. Reflü ile ilişkili olan kanser, Barrett’s özofagus zemininde gelişen adenokanserdir ve toplam reflü havuzundaki sıklığı oldukça nadirdir.