Kuvvetli asit baskılayıcı ilaçlarla tedavi öncesinde ciddi reflü vakaları için ameliyatlar sıkça kullanılırdı. Ancak etkin tedaviler sonrası cerrahinin rolü değişmiştir. Anti reflü cerrahi hiatus hernisi ( mide fıtığı ) olanlarda ve alt özofagus sfinkterini kuvvetlendirmede kullanılmaktadır.
En sık kullanılan cerrahi yöntem Nissen fundoplikasyonudur. Cerrahinin sonuçları iyi olsa da yutmada güçlük, gaz ve şişkinlik hissi, sinir yaralanmasına bağlı ishal gibi bazı komplikasyonlar oluşabilir.
Bu nedenle hasta seçimi çok önemlidir. İlaçların iyi geldiği genç hastalarda ameliyat kararını hasta, gastroenterolog ve cerrah birlikte almalıdır. Ameliyat öncesi gerekli özel testler mutlaka yapılmalıdır.